La Reserva de la Biósfera del Cráter El Pinacate y el Gran Desierto de Altar en Sonora, cubren una gran zona en el noroeste que se extiende hasta Baja California, el Mar de Cortés, California y Arizona. Debido a su biodiversidad y sus microclimas con temperaturas que oscilan de bajo cero hasta 48 C. a la sombra, el Desierto de Sonora cuenta con más superficie de área protegida que cualquier otro desierto en el mundo. Existen otras regiones significativas con identidad propia  como el Valle del Yaqui, La Ruta del Río, Ruta de las Misiones, Costa y Sierra.